Bahagian Audit Dalam telah diwujudkan pada tahun 1981 di bawah bidangkuasa Jabatan Bendahari Negeri Sabah sehingga 30 Jun 2000. Sebelum tahun 1981, bahagian ini dikenali dengan nama Unit Pemeriksaan yang berfungsi sama iaitu melaksanakan kewajipan Bendahari Negeri Sabah sejajar dengan Arahan Perbendaharaan seperti berikut:
- Menentukan bahawa pengawasan yang sesuai diadakan untuk mengurangkan/ mengelakkan kehilangan kerana penipuan atau kecuaian dalam semua Bendahari Daerah, semua Kementerian/ Jabatan termasuk Jabatan Mengakaun Sendiri, semua Pihak Berkuasa Tempatan, semua Agensi Kerajaan dan Badan-badan Berkanun.
- Melaporkan kepada Kementerian Kewangan Negeri apa-apa salah aturan berhubung dengan Akaun Awam yang dibawa kepada perhatiannya oleh pihak-pihak tertentu terutamanya Bahagian Audit Dalam.
Bahagian ini telah dipindahkan ke bawah bidangkuasa Kementerian Kewangan mulai 1 Julai Tahun 2000. Ini adalah berdasarkan kepada keputusan Majlis Kewangan Negara supaya semua Kerajaan Negeri dapat menubuhkan Bahagian/ Unit Audit Dalam di bawah pengawasan Kewangan Negeri/ Kementerian Kewangan Negeri. Memandangkan Bahagian Audit Dalam telah wujud di Jabatan Bendahari Negeri, gerakan pemindahan ini adalah wajar.